Es un órgano colegiado (compuesto por representantes de los gobiernos de Colima y Jalisco, usuarios de aguas nacionales, la academia, pueblos originarios y organizaciones de la sociedad) auxiliar al Consejo de Cuenca Costa Pacífico Centro que es responsable de promover la gestión integrada de los recursos hídricos en la Cuenca del Río Ayuquila – Armería, participar en la elaboración de estudios, dar seguimiento al Plan de Gestión de la Cuenca, promover el mejorar la calidad y cantidad del agua, atender conflictos entre usuarios del agua, así como promover la conservación y restauración de ecosistemas en la región. Los acuerdos derivados de sus sesiones ordinarias y extraordinarias son atendidos a través de la Gerencia Operativa.